Para agendar o desligamento do computador no linux é bem simples, basta seguir os seguintes passos:
1) Abra o terminal
2) Logue-se como root ou utilize sudo antes dos comandos
3) Digite no terminal shutdown -h +MM
Onde MM são minutos, ou seja, daqui a quantos minutos você quer que o seu sistema desligue.
Pronto, é só isso. Se quiser mais opções digite no terminal:
man shutdown